Atomic Charge Calculator III (ACC III), vyvinutý výzkumnou skupinou Strukturní bioinformatika, se objevil na obálce letošního speciálního čísla časopisu Nucleic Acids Research věnovaného webovým serverům. Autorem titulního obrázku je Tomáš Raček. Obrázek zachycuje membránový protein a pomocí parciálních atomových nábojů vypočtených v ACC III znázorňuje jeho elektrostatické vlastnosti, které mají zásadní vliv na molekulární interakce.
ACC III umožňuje rychle počítat parciální atomové náboje pro nejrůznější struktury, od malých organických molekul až po proteiny. Nová verze nabízí 20 empirických metod výpočtu nábojů, využívá pro interaktivní zobrazení prohlížeč Mol* a umožňuje ukládat vypočtené náboje přímo do souborů mmCIF prostřednictvím formálně definovaného rozšíření. Výsledky je tak možné snadněji prohlížet, sdílet a dále využívat při práci se strukturními daty.
Ve stejném čísle časopisu Nucleic Acids Research vyšel také článek popisující ACC III, jehož prvním a korespondenčním autorem je Tomáš Raček: https://doi.org/10.1093/nar/gkag379.
Anna Hýsková, Eva Maršálková a Petr Šimeček porovnali přesnost a rychlost predikce proteinových struktur pomocí nástrojů AlphaFold2, ESMFold a OmegaFold. Studie ukazuje, kdy má smysl využít nejpřesnější model AlphaFold2 a kdy postačí výrazně rychlejší alternativy.
Děkan Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity Luděk Bláha slavnostně předal Ceny děkana celkem 24 oceněným, kteří svými výsledky a přístupem významně přispívají k rozvoji fakulty. Cenu získali tito laureáti z NCBR: Mgr. Martin Kopecký (NMgr. specializace Bioinformatika), Mgr. Ondřej Helia (DSP Genomika a proteomika) a Mgr. Aneta Kozeleková (DSP Vědy o živé přírodě). Všem oceněným srdečně blahopřejeme a děkujeme za skvělou reprezentaci našeho ústavu!
