We apologize, but this page is only available in Czech due to its professional content and purpose.
Bioinformatika (program Biochemie)
Obhajoba diplomové práce:
Průběh a hodnocení obhajoby diplomové práce
Průběh obhajoby DP
- prezentace výsledků diplomové práce kandidáta (10 min)
- veřejné čtení posudku vedoucího DP
- veřejné čtení posudku oponenta DP + jeho dotazy
- plenární diskuse (dotazy)
Hodnocení obhajoby DP
Při hodnocení obhajoby DP stupněm podle Studijního řádu zohledňuje komise zejména tyto faktory:
- návrh hodnocení oponenta DP
- návrh hodnocení vedoucího DP
- úroveň prezentace
- úroveň reakcí kandidáta na otázky oponenta a otázky z plenární diskuse
Návrh hodnocení kandidáta stupněm nevyhovující
Navrhne-li vedoucí nebo oponent hodnocení nevyhovující (F) a nemá-li ke kandidátovi upřesňující dotazy, po přečtení posudku vybere předseda zkušební komise některé (zásadní) připomínky a vyzve kandidáta, aby se k nim vyjádřil.
Ohodnotí-li komise obhajobu DP jako nevyhovující, kandidát je vyzván buď ke přepsání práce (formální nepřehlednost, nevyhovující struktura, nadměrné množství pravopisných chyb atp., nejsou nutné dodatečné experimenty) nebo k dopracování práce (jsou nutné dodatečné experimenty). Bude následovat opravný termín SZZ.
Zásady pro hodnocení diplomové práce
Studijní a zkušební řád
Článek 25, odst. 4:
Oponent a vedoucí práce vypracují písemný posudek, jehož součástí je návrh hodnocení podle čl. 26 odst. 1. Student má právo být seznámen s posudky nejméně pět pracovních dnů před obhajobou.
Článek 26, odst. 1
V každé součásti státní zkoušky se komise usnáší o jejím výsledku. Výsledek každé součásti státní zkoušky je hodnocen slovy podle klasifikační stupnice stanovené čl. 17 odst. 1.
Magisterská diplomová práce:
Posudek vedoucího diplomové práce:
Vedoucí DP hodnotí praktické projevy kandidáta při řešení DP:
- iniciativu a samostatnost
- pracovitost, pečlivost a spolehlivost
- orientaci v problému, zručnost a tvůrčí přístup
- schopnost týmové práce (komunikace)
Nemůže-li se vedoucí DP zúčastnit obhajoby, jeho posudek předčítá předseda zkušební komise.
Formulář posudku vedoucího, ať už ve verzi české či anglické, bude administrací SZZ zaslán vedoucímu DP.
Posudek oponenta diplomové práce:
Oponent hodnotí:
- formální správnost a kvalitu zpracování (dle výše uvedených Zásad pro vypracování DP)
- jazykovou kulturu (pravopis, vyjadřování)
- rozsahovou přiměřenost jednotlivých části
- odbornou úroveň
- relevantní závěr/shrnutí
Součástí posudku je návrh hodnocení podle Studijního a zkušebního řádu. Součástí jsou též alespoň 3 upřesňující otázky pro veřejnou obhajobu, které budou veřejně položeny a které kandidát musí zodpovědět. Posudek může též obsahovat výčet konkrétních výtek a pochybení v textu DP, která musí student napravit formou errat.
Nemůže-li se oponent DP zúčastnit obhajoby, jeho posudek u obhajoby předčítá předseda zkušební komise.
Formulář posudku oponenta, ať už ve verzi české či anglické, bude administrací SZZ zaslán oponentovi DP.
Průběh obhajoby DP
- prezentace výsledků diplomové práce kandidáta (10 min)
- veřejné čtení posudku vedoucího DP
- veřejné čtení posudku oponenta DP + jeho dotazy
- plenární diskuse (dotazy)
Hodnocení obhajoby DP
Při hodnocení obhajoby DP stupněm podle Studijního řádu zohledňuje komise zejména tyto faktory:
- návrh hodnocení oponenta DP
- návrh hodnocení vedoucího DP
- úroveň prezentace
- úroveň reakcí kandidáta na otázky oponenta a otázky z plenární diskuse
Návrh hodnocení kandidáta stupněm nevyhovující
Navrhne-li vedoucí nebo oponent hodnocení nevyhovující (F) a nemá-li ke kandidátovi upřesňující dotazy, po přečtení posudku vybere předseda zkušební komise některé (zásadní) připomínky a vyzve kandidáta, aby se k nim vyjádřil.
Ohodnotí-li komise obhajobu DP jako nevyhovující, kandidát je vyzván buď ke přepsání práce (formální nepřehlednost, nevyhovující struktura, nadměrné množství pravopisných chyb atp., nejsou nutné dodatečné experimenty) nebo k dopracování práce (jsou nutné dodatečné experimenty). Bude následovat opravný termín SZZ.
Doporučení k vypracování diplomové práce
Zásady pro vypracování diplomové práce
Diplomová práce prezentuje výsledky experimentální práce diplomanta pod vedením vedoucího diplomové práce. Předkládá se v elektronické formě pro zveřejnění v IS. Samotná práce má být sepsána jasně a srozumitelně, bez gramatických a logických chyb (kontrola jazykovými korektory), laboratorního slengu a zbytečných anglicizmů. Velikost strany A4, doporučuje se řádkování 1.5, obvyklé fonty (Times New Roman nebo Arial) velikosti 12, okraje stránky 2,5 cm, zarovnání odstavců do bloku.
Diplomant je povinen před obhajobou DP odstranit všechny zásadní chyby v rukopisu, které mu jsou v posudku vytknuty vedoucím, oponentem nebo pokud je sám zjistí, vložením tzv. errat do IS (nutno skrze Studijní oddělení PřF MU).
Oficiální dokument Opatření děkana č.3/2019 obsahuje Pokyny pro vypracování bakalářských, diplomových a rigorózních prací na PřF MU.
Členění práce
Diplomová práce obsahuje části (viz níže): Titulní strana, Obsah, Teoretická část, Experimentální část, Shrnutí výsledků (Závěr), Seznam zkratek, Literatura. Experimentální část obsahuje kapitoly Chemikálie a metody, Výsledky a Diskusi. Kapitoly Výsledky a Diskuse je možno spojit, přispěje-li to k přehlednosti. Práce dále obsahuje Bibliografický záznam, Abstrakt (česky i anglicky), Zadání DP (generované po schválení tématu DP v IS v Rozpisu témat studentem, školitelem a ped. zástupcem), Prohlášení studenta a Poděkování.
Titulní strana
Obsahuje hlavičku Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta a Národní centrum pro výzkum biomolekul, dále název práce, jméno diplomanta a rok odevzdání. Dále je připojena samostatná stránka s prohlášením diplomanta potvrzující originálnost výsledků, samostatnost jeho práce, zadání a bibliografický záznam.
Obsah
Názvy a číslování kapitol, odkazy na stránky. Příliš podrobné členění na podkapitoly (doporučuje se max 4. úroveň, např. 4.3.2.2) není obvykle vhodné z důvodů malé přehlednosti.
Teoretická část
Teoretická část obsahuje literární rešerši a údaje nutné k pochopení smyslu práce včetně odkazů na výsledky dosažené předchůdci. Součásti je definování cílů diplomové práce uvedené samostatně na konci kapitoly. Literární rešerše má být samostatnou prací studenta, je proto nevhodné ji doslova opisovat od předchůdců (včetně chyb, mohou být zjištěny podobnosti rutinou IS jako vejce vejci).
Experimentální část
Chemikálie a metody
Úplný soupis všech použitých chemikálií včetně původu (uvádí se kvůli opakovatelnosti práce), údaje o laboratorních přístrojích (model, výrobce). Úplný popis metod tak, aby mohly být podle tohoto návodu zopakovány; při aplikaci triviálních postupů, tyto nerozepisovat, jen stručně shrnout s literárním odkazem.
Výsledky
Uvádí se popis experimentů, jejich záměr a výsledek s krátkým komentářem a popisem podmínek, které nejsou zmíněny v experimentální části. Může být členěno na logické kapitoly opatřené výstižným nadpisem. Každý obrázek a tabulka musí být opatřen pořadovým číslem, názvem a popisem tak, aby je bylo možno pochopit bez hledání v experimentální části; popis obrázku se provádí pod něj, popis tabulky nad ni. Obrázky a tabulky se vřazují plynule do textu, aby nebylo nutno v práci zbytečně listovat. Tabulky a obrázky se vzájemně nezdvojují. Rozsáhlejší data je možno uvést na konci práce formou příloh. Všechny číselné údaje týkající se výsledkové části budou uvedeny na příslušný počet platných číslic; týká se především výsledků měření a výpočtů.
Diskuse
Při diskusi je vhodné respektovat strukturu výsledků. Je možné ji členit na jednotlivé kapitoly nebo psát jako jediný celek. Diskuse obsahuje krátké shrnutí faktů a srovnání s výsledky dalších kapitol celé práce. Diskuse se vede i s ohledem na fakta zjištěná v literatuře (dokumentováno citacemi). Aby byly vysvětleny rozpory, nejasnosti či protichůdné výsledky, jsou prezentovány závěrečné modely a hypotézy. Vyhýbáme se spekulacím, které nemají rozumný podklad.
Shrnutí výsledků / Závěr
Uvádí se v bodech, shrnuje krátce a výstižně dosažené výsledky.
Seznam méně běžných zkratek je nepovinný. Není nutné uvádět (vysvětlovat) v seznamu běžné zkratky jako HPLC, EDTA, ATP, NADH apod., nicméně je třeba zkratky vždy uvést a vysvětlit při jejich prvním užití v textu.
Literatura
Dodržuje se jednotný způsob citace, optimálně dle normy ISO 690:2022. Lze citovat i internetové odkazy (pouze není-li jiný zdroj, tedy nikoliv wikipedie) a osobní sdělení (uznávaných autorit, nikoli kolegů*yň nebo laborantů*ek). Internetové odkazy je nutno uvádět s datem jejich vzniku a získání. Doporučuje se volit způsob citace podle číslování. Příklad citace podle číslování:
- v textu DP: …bylo prokázáno, že koncentrace v průběhu adaptace klesá [1]…
- v oddíle Literatura: [1] Novotný, J., Novotná, E.: Vliv adaptace na koncentraci cytochromu c v bakterii tularemie. Biophys. Acta 434 (1995) 1243.
Pokud citujete práci, dáváte najevo, že obsah práce znáte, resp. že článek máte k dispozici. V opačném případě je nutné se odvolávat na jinou citaci (v běžných publikacích se obvykle nepoužívá).
například
- Novotný, J., Novotná, E.: Vliv adaptace na koncentraci cytochromu c v bakterii E. coli [1].
- [1] Biophys. Acta 434 (1995) 1243, citováno v práci Blake, J.: PLoS ONE, 4 (2008) 35.
Uvádění výsledků včetně grafů z publikací jiných autorů podléhá standardnímu postupu písemné žádosti o autorizování kopie vlastníkovi autorských práv, nejčastěji nakladatelství.
Terminologie
Obecně používané výrazy patřící do běžné slovní zásoby se píší v souladu s Pravidly českého pravopisu (analýza, syntéza, teorie, metoda, atd.), případně s odbornými normami.
Označení chemických látek se uvádí jednotně v celé práci, respektování doporučení názvoslovných komisí není nevýhodou, byť novější tvary nejsou automaticky nesprávné: glukóza/glukosa, dehydrogenáza/dehydrogenasa, metanol/methanol atd.
Jednotky: jednotky se píší ve formě s horním indexem (mg.ml-1), nikoli s lomítkem, koncentrace se udávají v mol.l-1 nebo M, pro vyjádření koncentrace lze použít g.l-1 nebo mg.l-1, µg.ml-1, ng.ml-1, µg.l-1, ng.l-1, atp., ne však ppm, ppb. Podíl analytu v pevném vzorku se nenazývá koncentrace, ale obsah, a vyjadřuje se v jednotkách obvykle mg.kg-1, µg.kg-1, µg.g-1, ng.g-1, % m/m (hmotnostní procenta).
Další požadavky na vypracování DP
- rozsah: min. 50 stran
- obsahuje formulář se zadáním DP
- obsah: musí obsahovat i experimentální/výsledkovou část, teoretická část tvoří maximálně 1/3 celkového počtu stran DP
- délka prezentace DP při obhajobě: 10 min, využití programu MS Powerpoint, Prezi či Acrobat Reader a dataprojektoru
Zveřejňování závěrečných prací
Viz Článek 40 Studijního a zkušebního řádu.
V archivu závěrečných prací by se měla práce ukládat v souboru typu *.pdf s omezenými právy (bez možnosti tisku, vyjímání obrázků a textu)
Skrytí výsledkové části DP
Pokud vedoucí DP rozhodne, že je třeba skrýt výsledkovou část DP, že třeba podat zvláštní žádost. V žádosti uvede, které části (kapitoly) mají být skryty a jaké jsou důvody pro jejich skrytí. Nepublikovaná data nejsou dostatečným důvodem pro skrytí (viz zákon o VŠ). Skrytí je dle zákona možné pouze po dobu trvání překážky pro zveřejnění, nejdéle však na dobu 3 let. Uveďte nezbytnou dobu pro odložení zveřejnění části závěrečné práce, ne však déle než na dobu 3 let. Přístup by k utajené části měli mít diplomant, vedoucí DP a oponent DP.
Státní závěrečná zkouška:
Základní informace o Státní závěrečné zkoušce
Státní závěrečná zkouška
Závěrečná státní zkouška se skládá z obhajoby diplomové práce a z vlastní státní zkoušky před komisí pro státní zkoušku,
rozsah zkoušky je dán výše uvedenými požadavky. Při zkoušce je kladen důraz především na to, co si uchazeč měl osvojit
zejména v rámci povinných a povinně volitelných přednášek magisterského studia.
Obsah a rozsah Státní závěrečné zkoušky
Požadavky ke státní závěrečné zkoušce – Bioinformatika
Státní závěrečná zkouška pro studenty navazujícího magisterského programu Biochemie, specializace Bioinformatika se
sestává ze tří předmětů – Bioinformatika a strukturní bioinformatika, Chemoinformatika a molekulové modelování, a
Pokročilá biochemie. Sylaby těchto zkouškových předmětů jsou zveřejněny v hlavní části této stránky. Z každého
předmětu dostane student*ka 2 otázky.
Délka trvání obhajoba + zkouška – cca 105 minut
Obvyklé místo konání: C04-211
Sylaby ke Státní závěrečné zkoušce
Pokročilá biochemie a její metody
Biomolekuly
Proteiny. Složení, aminokyseliny a prosthetické skupiny, posttranslační modifikace, hierarchie struktury, intramolekulární interakce.
Enzymy a jejich systematika, aktivita, interakce se substrátem a základy kinetiky a její charakterizace. Inhibice a její rozdělení, příklady léčiv.
Nukleové kyseliny. Složení DNA a RNA, struktury a zapojené interakce, typy a funkce.
Bioenergetika
Makroergní sloučeniny. Chemiosmotický mechanismus konzervace energie. Principy organizace elektrontransportních řetězců u mitochondrií, chloroplastů a bakterií. Zapojení mitochondrií a chloroplastů do buněčného metabolismu. Integrace a regulace energetického metabolismu u člověka.
Energetické zásoby. Zdroje ATP. ADP / adenylátkinasa, fosfokreatin / kreatinkinasa, anaerobní a aerobní metabolismus.
Fyziologická biochemie a biochemické regulace
Mezibuněčná a vnitrobuněčná signalizace. Signály intrakrinní, autokrinní, juxtakrinní, parakrinní a endokrinní.
Hormony – eikosanoidy, steroidy, deriváty aminokyselin, peptidové a proteinové.Působení hormonů, kontrolní místa regulace metabolismu sacharidů a lipidů, funkce AMP-dependentní proteinkinázy, orgánová specifita.
Receptory spojené s iontovými kanály, G-proteiny a tyrosinkinázou; intracelulární receptory. Druzí poslové a jejich funkce – cAMP, cGMP, inositoltrisfosfát, Ca2+, NO, diacylglycerol, fosfoinositidy.
Příklady signálních drah.
Biochemické metody
Izolace proteinů a nukleových kyselin, separace a kvantifikace proteinů a nukleových kyselin. Lýze buněk, frakcionace, filtrace, centrifugace. Chromatografické techniky. Elektroforéza a její varianty. Zhodnocení purifikace.
Molekulová hmotnost biopolymerů a metody stanovení. SDS PAGE, gelová permeační chromatografie, hmotnostní spektrometrie, rozptyl světla, centrifugační metody.
Určení prostorové struktury biopolymerů. CD a IR spektrometrie, NMR, rentgenostrukturní analýza, elektronová mikroskopie, analýza in silico.
Základy genomiky. Metody mapování genů a jejich exprese, sekvenační techniky. Detekce polymorfismů. Klonování, selekce transformovaných buněk.
Rekombinantní proteiny. Prokaryotní a eukaryotní expresní systémy, vektory, metody indukce, značky, glykosylace. Cílená mutageneze.
Proteomika. Základní metody a přístupy, využití MS. Identifikace a kvantifikace proteinů ve směsích, analýza protein-proteinových interakcí. Využití databází.
Bioinformatické techniky. Základní pojmy, porovnávání sekvencí a struktur, příklady využití databází a softwarových nástrojů. Predikce struktury proteinů. Proteinové rodiny.
Studium afinitních interakcí biomolekul a vazby ligandů s biomakromolekulami. Rovnovážná dialýza, spektroskopické techniky, titrační kalorimetrie, SPR biosensory, afinitní kapalinová chromatografie a kapilární elektroforéza s MS. Zpracování dat a získání kinetických parametrů.
Bioanalytické techniky. Enzymová stanovení, enzymové značky, enzymové biosensory. Imunostanovení, ELISA. Stanovení nukleových kyselin, PCR a real-time PCR.
Pokročilá biochemie – Bioinformatika
Úvod do genomiky. Definice a struktura genů, určení sekvence nukleových kyselin (Sanger, NGS).
Nukleové kyseliny – složení DNA a RNA, struktura a funkce. Monomerní jednotky, konformace a její popis, cukrfosfátová páteř, primární, sekundární struktura (dvojšroubo- vicové struktury, párování bazí), terciární struktura a principy její stavby (interakce bazí, intramolekulární interakce), vyšší struktury, interakce s proteiny.
Úvod do proteomiky. Vyhledání a určení základních vlastností proteinů in silico a pomocí experimentálních přístupů. Analýza proteinů pomocí hmotností spektrometrie (MS) – principy a možnosti v biochemii. Imunochemické přístupy a jejich komplementarita.
Struktura a funkce proteinů. Primární, sekundární, terciární a kvartérní struktura. Nekovalentní interakce stabilizující biomakromolekuly. Disperzní síly, van der Waalsovy interakce, sterické repulse, iontové interakce, vodíková vazba. Aminokyseliny – chemické a fyzikální vlastnosti aminokyselin. Kódované a nekódované aminokyseliny, aminokyseliny esenciální. peptidová vazba. Funkce proteinů.
Enzymy – nomenklatura a názvosloví, stavba enzymů, pojmy holoenzym, apoenzym, kofaktor, koenzym, kosubstrát, prostetická skupina. Vyjadřování enzymové aktivity, aktivní centrum, specifita a mechanismus účinku. Enzymová kinetika - vliv vnitřních a vnějších faktorů na enzymovou reakci.
Příprava rekombinantních proteinů. Definice, historie. Expresní systémy, vektory, značky, postranslační modifikace, glykosylace. Amplifikace genu, klonování, selekce buněk s úspěšně klonovanym genem, indukce exprese. Místně cílená a náhodná mutageneze.
Extrakce, purifikace a kvantifikace proteinů. Lýze buněk, inhibice proteolýzy a oxidace, solubilizace inkluzních tělísek. Nechromatografické metody - frakcionace, ultrafiltrace, diferenciální centrifugace, preparativní elektroforéza a izoelektrická fokusace. Chromatografické metody - gelová permeační, iontově výměnná, chromatofokusace, hydrofobní, afinitní, kovalentní. Metody stanovení celkového proteinu. Kritéria čistoty proteinu.
Integrace a regulace metabolismu u člověka. Základní metabolické dráhy (glykolýza, citrátový cyklus, ornithinový cyklus, dýchací řetězec), schopnost je komentovat v předloženém schematu), makroergické sloučeniny, ATP, působení hormonů, kontrolní místa regulace metabolismu sacharidů a lipidů.
Bioinformatika a strukturní bioinformatika
- Úvod do genomiky. Definice a struktura genů, určení sekvence nukleových kyselin (Sanger, NGS).
- Úvod do proteomiky. Definice pojmů protein, proteoforma, proteom, proteotyp. Identifikace proteinu a určení sekvence aminokyselin pomocí hmotnostní spektrometrie.
- Databáze biologických dat. Molekulárně-biologická data. Rozdělení biologických databází (primární, sekundární, strukturní, genomové). Složené databáze. Instituce pro správu bioinformatických dat. Formát a anotace záznamů v databázích. Vyhledávání v databázích (textové vyhledávání, sekvenční přiložení).
- Sekvenční přiložení. Párové a mnohočetné přiložení. Základní algoritmy, matice. Přiložení nukleotidové a aminokyselinové sekvence. Význam a použití přiložení pro analýzu dat.
- Predikce ORF a genů. Čtecí rámce, překlad nukleotidové sekvence do proteinové, genetický kód. Nástroje pro překlad nukleotidových sekvencí. Predikce genů u prokaryot. Predikce genů u eukaryot. Sestřih. Chyby při predikci. Programy a nástroje pro identifikaci genů.
- Fylogenetická analýza.
- Design primerů. Základní charakteristiky primerů a jejich význam. Softwarové nástroje pro design primerů. Použití primerů.
- Predikce vlastností a funkce proteinů. Základní fyzikálně-chemická charakteristika proteinu (izoelektrický bod, extinkční koeficient, molekulová hmotnost). Predikce lokalizace proteinu u prokaryot (Gram pozitivní, Gram negativní bakterie) a eukaryot. Posttranslační modifikace.
- Predikce sekundární a terciární struktury proteinů (algoritmy a nástroje). Vyhledávání funkčních a strukturních motivů v sekvencích, predikce funkce proteinů. Homologní modelování. Threading. Predikce ab initio. Srovnání jednotlivých metod, validace modelů. Databáze struktur, vizualizace struktur.
- Struktura sacharidů a lipidů, oligo- a polysacharidy, zápis sekvence sacharidů, 3D struktura.
- Experimentální metody pro určení struktury, difrakční metody, NMR, elektronová mikroskopie. Strukturní přístupy na bázi MS.
- Validace biomakromolekulárních struktur – validační kritéria a validační reporty Validace ligandů - validační kritéria a validační reporty.
- Interakce proteinů s malými molekulami, molekulární dokování. epitelové tkáně a vazivové tkáně.
Chemoinformatika a molekulové modelování
- Modely pro predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury (QSPR modely) – teoretický popis modelu, jejich návrhy a výběr deskriptorů Lineární a multilineární regrese v QSPR modelu. Metriky kvality QSPR modelu, nelineární QSPR modely. Aplikace QSPR modelů pro predikci konkrétních veličin (pKa, log P)
- Virtuální screening v chemoinformatice: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru.
- Deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita), využití dokingu ve virtuálním screeningu, skórovací funkce
- Chemoinformatické databáze: Databáze struktur molekul (DTP NCI, Pubchem, Drugbank, Zinc), databáze vlastností molekul a databáze deskriptorů. Vyhledávání v těchto databázích.
- Moderní metodiky zpracování chemoinformatických dat: genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines.
- Experiment versus molekulové modelování (úvod do molekulového modelování, validace a predikce, přehled experimentálních metod s jednomolekulárním rozlišením). Rozlišení a přesnost výpočetních metod. Kartézské a interní souřadnice.
- Kvantově-chemické metody. Semiempirické, ab initio a metody funkcionálu hustoty, Bornova-Oppenheimerova aproximace, koncept hyperploch potenciální energie, stručný přehled metod a programů.
- Hyperplochy potenciální energie (význam, optimalizační metody, hledání lokálních a globálních minim a tranzitních stavů, výpočet termodynamických veličin)
- Molekulová mechanika (silová pole, dalekodosahové interakce, modelování rozpouštědel, periodické okrajové podmínky, přehled silových polí).
- Molekulová dynamika (vývoj systému v čase, pohybové rovnice, kontrola teploty a tlaku, vlastnosti systému, stručný přehled programů pro molekulovou dynamiku)
- Speciální metody (Monte Carlo simulace, hrubozrné modely).
- Molekulární docking. Skórovací metody.
Zkušební komise pro Státní závěrečné zkoušky
předseda: prof. L. Žídek / prof. Wimmerová
bioinformatika a strukturní bioinformatika
- prof. M. Wimmerová
- doc. R. Svobodová
- Dr. L. Malinovská
- Dr. J. Houser
chemoinformatika a molekulové modelování
- doc. R. Svobodová
- Dr. P. Kulhánek
pokročilá biochemie
- prof. M. Wimmerová
- prof. L. Žídek