Experimentální biologie rostlin
Povinnosti studenta/studentky
Podmínky a kritéria pro doktorské studium jsou založeny na následujících povinnostech:
- Absolvování minimálně 3 odborných kurzů zaměřených na tzv. hard skills (nebo letní školy / specifické kurzy) během prvních 2 let studia (odkaz na seznam doporučených kurzů hard-skills bude aktivní od 09/2025).
- Absolvování minimálně 1 kurzu / školení zaměřený na rozvoj přenositelných schopností tzv. „soft skills“ během prvních 2 let studia (odkaz na seznam doporučených kurzů soft-skills bude aktivní od 09/2025).
- Účast na přednáškách / seminářích souvisejících s oborem studia dle výběru studenta (8 přednášek za semestr).
- Prezentace svého výzkumu na mezinárodní konferenci / fóru.
- Účast na výuce (nebo příprava výukových materiálů, organizace exkurzí nebo PhD Retreat apod.).
- Absolvování stáže v zahraničí (minimálně 30 dní).
- Účast na ExPBio PhD Retreatu
Hard skills
Studenti jsou povinni během prvních dvou let studia absolvovat minimálně tři odborné kurzy zaměřené na tzv. hard skills. Tyto kurzy mohou mít podobu standardních semestrálních předmětů, letních škol či specifických intenzivních kurzů.
Doporučený seznam hard skills kurzů je k dispozici níže, avšak je možné zvolit i jiné relevantní kurzy z katalogu předmětů.
Akceptovány jsou rovněž letní školy a krátkodobé odborné kurzy, jejichž rozsah přesahuje 10 hodin výuky a svou intenzitou a zaměřením odpovídají standardním předmětům. Nabídka kurzů je zveřejňována v sekci Aktuality, avšak je možné zvolit i jiné relevantní kurzy. Účast na letní škole či specifickém kurzu podléhá schválení školitele a garantem programu. O uznání absolvovaného kurzu jako součásti požadavků na hard skills rozhoduje garant programu nebo jím pověřená osoba. Doporučuje se konzultovat možnost uznání kurzu před jeho absolvováním.
Hard skills |
Code |
Course Name |
Lecturer |
Language |
Focused on plants CZ |
Genetika rostlin |
J. Řepková (Mandáková) |
CZ |
|
|
Molekulární fyziologie rostlin7867860 |
M. Šámalová |
CZ |
|
|
Molekulární fyziologie rostlin - cvičení |
M. Šámalová |
CZ |
|
|
Fyziologie a kultivace řas a sinic |
P. Váczi |
CZ |
|
|
Fyziologie a kultivace řas a sinic - cvičení |
P. Váczi |
CZ |
|
|
Pokročilé metody indukované fluorescence chlorofylu |
M. Barták |
CZ |
|
|
Pokročilé metody indukované fluorescence chlorofylu - cvičení |
M. Barták |
CZ |
|
|
Polární biologie rostlin |
M. Barták |
CZ |
|
|
Pokročilá biologie rostlinné buňky |
M. Pernisová |
CZ |
|
|
Rostlinná biochemie |
Lochman |
CZ |
|
|
Minerální výživa rostlin |
V. Gloser |
CZ |
|
|
Mikroevoluce a speciace rostlin |
Zedek |
CZ |
|
|
Evo-devo biologie rostlin |
Zedek |
CZ |
|
|
|
|
|
|
General CZ |
Proteomika |
Zdrahal |
CZ |
|
|
Genomika |
Hejatko |
CZ |
|
|
Metody v genomice |
Fajkus |
CZ |
|
|
Metody v proteomice |
Zdrahal |
CZ |
|
|
Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce |
Hofr |
CZ |
|
|
Strukturní biologie – cvičení |
Damborsky |
CZ |
|
|
|
|
|
|
Focused on plants EN |
Principles Of Water And Nutrient Use By Plants |
Gloser |
EN |
|
|
Production of Medicinal Plants |
Dvorska |
EN |
|
|
Hormones in plant development |
Boisivon |
EN |
|
|
Production Plant Biology |
Bartak, Vaczi |
EN |
|
|
Plant Biochemistry |
Lochman |
EN |
|
|
Experimental Plant Biology |
Bartak |
EN |
|
|
Methods in plant cytogenetics and cytogenomics I. - practical course |
Mandakova |
EN |
|
|
Methods in plant cytogenetics and cytogenomics II. - practical course |
Mandakova |
EN |
|
|
|
|
|
|
General EN |
RNA metabolism |
Vanacova |
EN |
|
|
Genomics |
Hejatko |
EN |
|
|
Proteomics |
Zdrahal |
EN |
|
|
Methods in genomics |
Fajkus |
EN |
|
|
Methods in proteomics |
Zdrahal |
EN |
|
|
Synthetic Biology |
Riha |
EN |
Soft skills
Během prvních dvou let studia jsou studenti povinni absolvovat minimálně jeden odborný kurz nebo školení zaměřené na rozvoj tzv. soft skills. Tyto aktivity mohou být orientovány na prezentační a komunikační dovednosti, týmovou spolupráci, rozvoj manažerských a leadership schopností, nebo například na odborné kompetence v oblasti bioinformatiky a zpracování biostatistických dat.
Kurzy lze absolvovat v rámci nabídky Centra rozvoje pedagogických kompetencí (CERPEK MU), PhD Akademie Jihomoravského inovačního centra, případně i u jiných vzdělávacích institucí, včetně letních škol a krátkodobých školení.
V případě kurzů, které nejsou uvedeny v katalogu předmětů MU ani v doporučeném seznamu (viz odkaz), je nutné před jejich absolvováním konzultovat jejich vhodnost se školitelem a garantem programu nebo jím pověřené osoby.
Soft skills |
Code |
Course Name |
Lecturer |
Language |
Notes |
Biostatistics or Bioinformatics |
E5540 |
Biostatistika – základní kurz |
Dusek |
CZ |
General introduction to the biostatics. |
|
E5540c |
Biostatistika - cvičení |
Dusek |
CZ |
General introduction to the biostatics - practice. |
|
Bi7560 |
Úvod do R |
dr. Kintrová |
CZ |
Good for beginniners in R. |
|
E7527 |
Analýza dat v R |
Budinska, dr. Smetanová |
CZ |
Good for beginniners with basic knowledge of R. |
|
E8600 |
Vícerozměrné metody |
Jarkovsky |
CZ |
Needs basic knowledge of R. |
|
Bi1121 |
Analýza dat v R pro experimentální a molekulární biology |
Ovesna |
CZ |
Good for beginniners in R. |
|
Bi1121c |
Analýza dat v R pro experimentální a molekulární biology - cvičení |
Ovesna |
CZ |
Good for beginniners in R - practice. |
|
Bi9680en |
Artificial Intelligence in Biology, Chemistry, and Bioengineering |
Damborsky |
EN |
Focuses to AI, involves also introduction to Python. |
|
Bi9680enc |
Artificial Intelligence in Biology, Chemistry, and Bioengineering - practice |
Damborsky |
EN |
Focuses to AI, involves also introduction to Python - practice. |
|
M7DataSP |
Praktikum z pokročilé datové vědy |
Šimeček, students, guests from industry |
CZ |
Needs basic knowledge of Python. |
|
|
|
|
|
|
General |
S4002 |
Law, Ethics and Philosophy of Science |
Havlis |
EN |
|
|
C4866 |
Discover the science - Scientific knowledge and thinking |
Havlis |
EN |
|
|
C4868 |
Discover the science - Science and society |
Havlis |
EN |
|
|
S4010 |
Science Communication Course: Present Your Research Results with Confidence |
Hejatko |
EN |
The goal is to teach students how to prepare effective presentations. |
|
XS450a |
Communication skills training |
Vrtala |
EN |
The aim is to improve students' ability to interact and communicate (ie listening and speaking) with people. |
|
VLAW051 |
Academic Writing |
Dvorackova LF |
EN |
Focuses on better understanding of English-language academic and science writing cultures. |
|
S4001 |
International Performance |
Stepanek |
EN |
Introduction to the different approaches in presentation of scientific outcomes. |
|
SOe200 |
Introduction to Project Management and Writing |
Stepanek |
EN |
Introduction to project design, management, and writing. |
|
Bi3112 |
Science Writing Workshop |
Nekola |
EN |
Participants must at the start of the course have some type of completed scientific analysis which they ultimately plan on submitting to a peer-reviewed journal. |
|
Bi1151en |
Effective Science Communication: Written and Graphic Skills |
Harnos |
EN |
Explores written and graphic communication in science. |
|
ILLU01 |
Ilustrace ve vědě – atraktivní a srozumitelné grafické zobrazování ve výzkumu a vzdělávání |
Hofr |
CZ |
On-line. Focuses on graphical design a data visualization. |
|
FR_EL |
FRESHERS: Skills for Research Careers |
Various (>8) |
EN |
On-line. Overall picture of the topics that researchers face (financing research and grant opportunities, publication ethics, communication of science and research results promotion). |
|
|
|
|
|
|
English |
Bi0077 |
English for Plant Biologists |
M. Barták |
EN |
|
|
JAD01 |
Advanced English for PhD studies (C1) |
Coupkova |
EN |
|
|
JAD02 |
Advanced English for PhD studies (C1) |
Coupkova |
EN |
|
Specializovaný seminář ExPBio
Studenti se účastní odborných seminářů zaměřených na prezentaci nejnovějších výzkumných poznatků, a to nejen v oblasti rostlinné biologie. Mezi doporučené aktivity patří zejména semináře pořádané na Přírodovědecké fakultě MU nebo v rámci CEITEC MU, například Mendel Centre Seminars in Life Sciences (IS MU: S2009) Life Sciences Seminar (IS MU: S5030, S5035, XD010, XD011, Bi0011), Life Science PI Seminar (IS MU: S5020), NCBR Seminar (IS MU: CB060, CC060), Doctoral Seminar IEB (IS MU: Bi0100, Bi0101) nebo seminář Ústavu experimentální biologie FGP (IS MU: C9950).
Je rovněž možné absolvovat odborné přednášky organizované mimo Masarykovu univerzitu, a to v rámci jiných akademických a výzkumných institucí. Účast na přednáškách v rámci konferencí se však nezapočítává mezi navštívené přednášky; uznávány jsou pouze jednotlivé odborné přednášky pořádané vědeckými pracovišti.
Zápočet za předmět Specializovaný seminář – ExPBio (IS MU: C0030) může být udělen na základě seznamu absolvovaných přednášek, který student předloží. Seznam může být ověřen garantem programu nebo jím pověřené osoby proti oficiální elektronické evidenci docházky vedené u seminářů pořádaných Masarykovou univerzitou.
Pro získání zápočtu musí studenti:
- prezenční formy studia absolvovat minimálně 8 přednášek za semestr,
- kombinované formy studia minimálně 4 přednášky za semestr.
Šablona pro potvrzení účasti (ke stažení zde):
- Datum přednášky
- Místo konání
- Jméno přednášejícího
- Název přednášky
- Stručný obsah přednášky (jedna věta)
Vyplněnou šablonu je třeba na konci každého semestru vložit do „Odevzdávárny“ předmětu. Po kontrole bude zadán zápočet garantem předmětu.
Mezinárodní konference
Studenti jsou povinni během čtyřletého studia alespoň jednou ústně přednést výsledky svého výzkumu na mezinárodní konferenci, fóru nebo workshopu. V případě absolvování mezinárodní konference v zahraničí kontaktujte garanta a v kopii koordinátora PhD studia a sdělte jim následující informace:
- Název akce a odkaz na webové stránky
- Datum přednášky
- Místo konání
- Jméno přednášejícího
- Název přednášky
- Stručný obsah přednášky (v jedné větě)
Garant zajistí udělení zápočtu v IS MU pod předmětem „Lecture in the Foreign Language“ (IS MU: XD106).
Stáž v zahraničí
Absolvování stáže v zahraničí (minimálně 30 dní).
Během studia je nutné absolvovat zahraniční stáž (IS MU: XD103) nebo alternativně zahraniční odbornou praxi (IS MU: XD110) v délce alespoň jednoho měsíce (celkově za dobu studia), případně v souladu s požadavky národních či univerzitních standardů. Tematické zaměření stáže či praxe musí souviset s tématem disertační práce.
Ve výjimečných a odůvodněných případech může oborová rada rozhodnout o alternativním způsobu splnění této povinnosti, například aktivním zapojením do mezinárodního projektu po dobu minimálně dvou let.
Před výjezdem vždy kontaktujte Koordinátora mobilit a informujte se o aktuální dokumentaci požadované před stáží, během stáže a po jejím ukončení.
Zacházení s chemickými látkami
Studenti jsou povinni absolvovat předmět „Handling Chemical Substances“ (IS MU: C7777) každý semestr po celou dobu trvání doby studia.
ExPBio PhD Retreat
Studenti jsou povinni se každoročně účastnit a prezentovat své výsledky na ExPBio PhD Retreatu. Podrobný způsob účasti je definován v pokynech pro PhD Retreat. Studenti prezenčního studia mají povinnost se aktivně podílet na přímé organizaci Retreatu. V odůvodněných případech může garant programu nebo jím pověřená osoba rozhodnout o alternativním způsobu splnění této povinnosti. Po absolvování Retreatu je studentům udělen zápočet „ExPBio PhD Retreat“ (IS MU: C0020) v informačním systému.
TAC - Thesis Advisory Committe
Stanovení poradního výboru pro disertační práci (TAC - Thesis Advisory Committee) je povinnou součástí doktorského studia. Slouží k průběžnému monitorování studijního pokroku ve spolupráci s externími odborníky. TAC je odpovědný za sledování vývoje disertačního projektu, poskytování odborného poradenství a podporu jak studentovi, tak školiteli.
Za absolvování každého ze setkání TAC je studentovi udělen zápočet v Informačním systému MU (IS MU: C0010).
Složení TAC
Za sestavení TAC odpovídá student, a to ve spolupráci se svým školitelem. Členové výboru jsou vybíráni a jmenováni do konce prvního roku studia. TAC musí zahrnovat školitele a alespoň dva další členy, kteří nejsou součástí školitelovy výzkumné skupiny; minimálně jeden člen musí být externí, tedy mimo instituci, kde student vykonává svůj doktorský výzkum (např. Masarykova universita, Biofyzikální ústav AV ČR apod.). Zahrnutí zahraničního odborníka je možné a považuje se za přínosné. Horní limit počtu členů TAC není stanoven. Členem se může stát jakýkoli odborník (interní či externí) s relevantními zkušenostmi s vedením doktorandů. Složení TAC podléhá schválení garantem programu nebo jím pověřené osoby a následně schválen oborovou radou programu ExPBio.
Setkání TAC
Setkání TAC může iniciovat student, školitel, garant programu nebo jím pověřená osoba. Účast jednotlivých členů je možná i distanční formou (on-line). Za organizaci schůzek, včetně pozvání členů a zajištění odevzdání kompletně vyplněných hodnoticích zpráv, odpovídá student.
- První setkání TAC se musí uskutečnit nejpozději do konce druhého semestru a zahrnuje plán výzkumu během PhD studia.
- Druhé setkání by mělo proběhnout do konce čtvrtého semestru, není-li nutné dříve, a obsahuje navrhované teze disertační práce.
- Třetí setkání se doporučuje během sedmého semestru studia, není-li nutné dříve a obsahuje postup prací a závěrečné teze disertační práce.
- Kromě tří předepsaných setkání TAC může být TAC svolán školitelem, studentem, garantem programu nebo jím pověřené osoby kdykoliv během studia.
- Po standardní době studia (tj. po osmi semestrech) nebo na základě doporučení oborové rady musí být TAC rozšířen o dalšího externího člena a svoláván pravidelně každoročně nebo dle potřeby.
Průběh TAC
Pokud je nutno - dva týdny před schůzkou, doktorand nebo školitel zašlou koordinátorovi PhD studia neveřejnou část podkladů. Neveřejná část není povinná, ale slouží k lepší informovanosti TAC a garantem programu o možných problémech týkajících se průběhu studia. Tuto část vyplňují samostatně doktorand a školitel a slouží k oddělenému projednání jednotlivých pohledů během schůzky.
Týden před každou schůzkou zašle doktorand všem členům TAC písemné podklady - např. návrh prezentace ve formátu PowerPoint. Dle potřeby může připojit také přehled dosavadního pokroku nebo pracovní verzi tezí disertační práce, podle aktuální rozpracovanosti projektu.
Části jednání bez přítomnosti doktoranda nebo školitele jsou důvěrné a umožňují otevřenou diskuzi o případných problémech ve spolupráci. V případě střetu zájmů, etických problémů nebo pocitu nerovného postavení může doktorand nebo kterýkoli člen TAC požádat o účast PhD koordinátorku na schůzce.
Struktura schůzky TAC:
- Prezentace doktoranda (cca 20 minut) a následná diskuze se všemi členy TAC.
- Diskuze mezi doktorandem a členy TAC bez přítomnosti školitele.
- Interní diskuze členů TAC bez přítomnosti doktoranda.
- Závěrečné shrnutí a doporučení předsedy TAC.
Zrušení TAC a výměna členů
TAC může být zrušen rozhodnutím doktoranda i oborové rady. Nový TAC musí být sestaven ideálně do jednoho měsíce. Přesun TAC by mělo být krajním řešením a nemělo by se provádět více než jednou za celé studium.
Jednotlivé členy lze v případě potřeby nahradit. Změna musí být schválena oborovou radou.
Dokumentace TAC
Zápis ze setkání TAC obsahuje:
- Oficiální dokumenty, schválené všemi členy TAC, studentem a školitelem.
- Pokud nutno - neveřejnou část, kterou vyplňuje zvlášť student a školitel. Neveřejná část může být vyplněna a zaslána nejméně dva týdny před konáním TAC koordinátorovi PhD studia. Koordinátor seznámí s jejím obsahem příslušné členy TAC, případně garanta programu či jeho zástupce.
Povinné dokumenty k jednotlivým setkáním TAC ke stažení:
- Zápis z 1. řádného TAC
- Zápis z 2. řádného TAC
- Zápis z 3. řádného TAC
- Zápis z mimořádného TAC
- Povinná neveřejná část TAC zprávy – student
- Povinná neveřejná část TAC zprávy – školitel
Organizace semestru
Link na Harmonogram období https://is.muni.cz/predmety/obdobi