Experimentální biologie rostlin

Povinnosti studenta/studentky

Podmínky a kritéria pro doktorské studium jsou založeny na následujících povinnostech:

Hard skills

Studenti jsou povinni během prvních dvou let studia absolvovat minimálně tři odborné kurzy zaměřené na tzv. hard skills. Tyto kurzy mohou mít podobu standardních semestrálních předmětů, letních škol či specifických intenzivních kurzů.

Doporučený seznam hard skills kurzů je k dispozici níže, avšak je možné zvolit i jiné relevantní kurzy z katalogu předmětů.

Akceptovány jsou rovněž letní školy a krátkodobé odborné kurzy, jejichž rozsah přesahuje 10 hodin výuky a svou intenzitou a zaměřením odpovídají standardním předmětům. Nabídka kurzů je zveřejňována v sekci Aktuality, avšak je možné zvolit i jiné relevantní kurzy. Účast na letní škole či specifickém kurzu podléhá schválení školitele a garantem programu. O uznání absolvovaného kurzu jako součásti požadavků na hard skills rozhoduje garant programu nebo jím pověřená osoba. Doporučuje se konzultovat možnost uznání kurzu před jeho absolvováním.

Hard skills

Code

Course Name

Lecturer

Language

Focused on plants CZ

Bi8240

Genetika rostlin

J. Řepková (Mandáková)

CZ

 

Bi8080

Molekulární fyziologie rostlin7867860

M. Šámalová

CZ

 

Bi8080c

Molekulární fyziologie rostlin - cvičení

M. Šámalová

CZ

 

Bi8180

Fyziologie a kultivace řas a sinic

P. Váczi

CZ

 

Bi8180c

Fyziologie a kultivace řas a sinic - cvičení

P. Váczi

CZ

 

Bi5880

Pokročilé metody indukované fluorescence chlorofylu

M. Barták

CZ

 

Bi5880c

Pokročilé metody indukované fluorescence chlorofylu - cvičení

M. Barták

CZ

 

Bi0321

Polární biologie rostlin

M. Barták

CZ

 

Bi8004

Pokročilá biologie rostlinné buňky

M. Pernisová

CZ

 

C7860

Rostlinná biochemie

Lochman

CZ

 

Bi7160

Minerální výživa rostlin

V. Gloser

CZ

 

Bi6570

Mikroevoluce a speciace rostlin

Zedek

CZ

 

Bi9090

Evo-devo biologie rostlin

Zedek

CZ

 

 

 

 

 

General CZ

CG010

Proteomika

Zdrahal

CZ

 

CG020

Genomika

Hejatko

CZ

 

CG080

Metody v genomice

Fajkus

CZ

 

CG090

Metody v proteomice

Zdrahal

CZ

 

C7230

Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce

Hofr

CZ

 

Bi9410c

Strukturní biologie – cvičení

Damborsky

CZ

 

 

 

 

 

Focused on plants EN

Bi0008

Principles Of Water And Nutrient Use By Plants

Gloser

EN

 

FALR1_12

Production of Medicinal Plants

Dvorska

EN

 

S2011

Hormones in plant development

Boisivon

EN

 

Bi8030en

Production Plant Biology

Bartak, Vaczi

EN

 

C7861

Plant Biochemistry

Lochman

EN

 

Bi0323

Experimental Plant Biology

Bartak

EN

 

Bi2002en

Methods in plant cytogenetics and cytogenomics I. - practical course

Mandakova

EN

 

Bi2004en

Methods in plant cytogenetics and cytogenomics II. - practical course

Mandakova

EN

 

 

 

 

 

General EN

C9095

RNA metabolism

Vanacova

EN

 

CG920

Genomics

Hejatko

EN

 

CG910

Proteomics

Zdrahal

EN

 

CG980

Methods in genomics

Fajkus

EN

 

CG990

Methods in proteomics

Zdrahal

EN

 

Bi9690en

Synthetic Biology

Riha

EN

Soft skills

Během prvních dvou let studia jsou studenti povinni absolvovat minimálně jeden odborný kurz nebo školení zaměřené na rozvoj tzv. soft skills. Tyto aktivity mohou být orientovány na prezentační a komunikační dovednosti, týmovou spolupráci, rozvoj manažerských a leadership schopností, nebo například na odborné kompetence v oblasti bioinformatiky a zpracování biostatistických dat.

Kurzy lze absolvovat v rámci nabídky Centra rozvoje pedagogických kompetencí (CERPEK MU), PhD Akademie Jihomoravského inovačního centra, případně i u jiných vzdělávacích institucí, včetně letních škol a krátkodobých školení.

V případě kurzů, které nejsou uvedeny v katalogu předmětů MU ani v doporučeném seznamu (viz odkaz), je nutné před jejich absolvováním konzultovat jejich vhodnost se školitelem a garantem programu nebo jím pověřené osoby.

Soft skills

Code

Course Name

Lecturer

Language

Notes

Biostatistics or Bioinformatics

E5540

Biostatistika – základní kurz

Dusek

CZ

General introduction to the biostatics.

 

E5540c

Biostatistika - cvičení

Dusek

CZ

General introduction to the biostatics - practice.

 

Bi7560

Úvod do R

dr. Kintrová

CZ

Good for beginniners in R.

 

E7527

Analýza dat v R

Budinska, dr. Smetanová

CZ

Good for beginniners with basic knowledge of R.

 

E8600

Vícerozměrné metody

Jarkovsky

CZ

Needs basic knowledge of R.

 

Bi1121

Analýza dat v R pro experimentální a molekulární biology

Ovesna

CZ

Good for beginniners in R.

 

Bi1121c

Analýza dat v R pro experimentální a molekulární biology - cvičení

Ovesna

CZ

Good for beginniners in R - practice.

 

Bi9680en

Artificial Intelligence in Biology, Chemistry, and Bioengineering

Damborsky

EN

Focuses to AI, involves also introduction to Python.

 

Bi9680enc

Artificial Intelligence in Biology, Chemistry, and Bioengineering - practice

Damborsky

EN

Focuses to AI, involves also introduction to Python - practice.

 

M7DataSP

Praktikum z pokročilé datové vědy

Šimeček, students, guests from industry

CZ

Needs basic knowledge of Python.

 

 

 

 

 

 

General

S4002

Law, Ethics and Philosophy of Science

Havlis

EN

 

 

C4866

Discover the science - Scientific knowledge and thinking

Havlis

EN

 

 

C4868

Discover the science - Science and society

Havlis

EN

 

 

S4010

Science Communication Course: Present Your Research Results with Confidence

Hejatko

EN

The goal is to teach students how to prepare effective presentations.

 

XS450a

Communication skills training

Vrtala

EN

The aim is to improve students' ability to interact and communicate (ie listening and speaking) with people.

 

VLAW051

Academic Writing

Dvorackova LF

EN

Focuses on better understanding of English-language academic and science writing cultures.

 

S4001

International Performance

Stepanek

EN

Introduction to the different approaches in presentation of scientific outcomes.

 

SOe200

Introduction to Project Management and Writing

Stepanek

EN

Introduction to project design, management, and writing.

 

Bi3112

Science Writing Workshop

Nekola

EN

Participants must at the start of the course have some type of completed scientific analysis which they ultimately plan on submitting to a peer-reviewed journal.

 

Bi1151en

Effective Science Communication: Written and Graphic Skills

Harnos

EN

Explores written and graphic communication in science.

 

ILLU01

Ilustrace ve vědě – atraktivní a srozumitelné grafické zobrazování ve výzkumu a vzdělávání

Hofr

CZ

On-line. Focuses on graphical design a data visualization.

 

FR_EL

FRESHERS: Skills for Research Careers

Various (>8)

EN

On-line. Overall picture of the topics that researchers face (financing research and grant opportunities, publication ethics, communication of science and research results promotion).

 

 

 

 

 

 

English

Bi0077

English for Plant Biologists

M. Barták

EN

 

 

JAD01

Advanced English for PhD studies (C1)

Coupkova

EN

 

 

JAD02

Advanced English for PhD studies (C1)

Coupkova

EN

 

Specializovaný seminář ExPBio

Studenti se účastní odborných seminářů zaměřených na prezentaci nejnovějších výzkumných poznatků, a to nejen v oblasti rostlinné biologie. Mezi doporučené aktivity patří zejména semináře pořádané na Přírodovědecké fakultě MU nebo v rámci CEITEC MU, například Mendel Centre Seminars in Life Sciences (IS MU: S2009) Life Sciences Seminar (IS MU: S5030, S5035, XD010, XD011, Bi0011), Life Science PI Seminar (IS MU: S5020), NCBR Seminar (IS MU: CB060, CC060), Doctoral Seminar IEB (IS MU: Bi0100, Bi0101) nebo seminář Ústavu experimentální biologie FGP (IS MU: C9950).

Je rovněž možné absolvovat odborné přednášky organizované mimo Masarykovu univerzitu, a to v rámci jiných akademických a výzkumných institucí. Účast na přednáškách v rámci konferencí se však nezapočítává mezi navštívené přednášky; uznávány jsou pouze jednotlivé odborné přednášky pořádané vědeckými pracovišti.

Zápočet za předmět Specializovaný seminář – ExPBio (IS MU: C0030) může být udělen na základě seznamu absolvovaných přednášek, který student předloží. Seznam může být ověřen garantem programu nebo jím pověřené osoby proti oficiální elektronické evidenci docházky vedené u seminářů pořádaných Masarykovou univerzitou.

Pro získání zápočtu musí studenti:

  • prezenční formy studia absolvovat minimálně 8 přednášek za semestr,
  • kombinované formy studia minimálně 4 přednášky za semestr.

Šablona pro potvrzení účasti (ke stažení zde):

  • Datum přednášky
  • Místo konání
  • Jméno přednášejícího
  • Název přednášky
  • Stručný obsah přednášky (jedna věta)

Vyplněnou šablonu je třeba na konci každého semestru vložit do „Odevzdávárny“ předmětu. Po kontrole bude zadán zápočet garantem předmětu.

Mezinárodní konference

Studenti jsou povinni během čtyřletého studia alespoň jednou ústně přednést výsledky svého výzkumu na mezinárodní konferenci, fóru nebo workshopu. V případě absolvování mezinárodní konference v zahraničí kontaktujte garanta a v kopii koordinátora PhD studia a sdělte jim následující informace:

  • Název akce a odkaz na webové stránky
  • Datum přednášky
  • Místo konání
  • Jméno přednášejícího
  • Název přednášky
  • Stručný obsah přednášky (v jedné větě)

Garant zajistí udělení zápočtu v IS MU pod předmětem „Lecture in the Foreign Language“ (IS MU: XD106).

Stáž v zahraničí

Absolvování stáže v zahraničí (minimálně 30 dní).

Během studia je nutné absolvovat zahraniční stáž (IS MU: XD103) nebo alternativně zahraniční odbornou praxi (IS MU: XD110) v délce alespoň jednoho měsíce (celkově za dobu studia), případně v souladu s požadavky národních či univerzitních standardů. Tematické zaměření stáže či praxe musí souviset s tématem disertační práce.

Ve výjimečných a odůvodněných případech může oborová rada rozhodnout o alternativním způsobu splnění této povinnosti, například aktivním zapojením do mezinárodního projektu po dobu minimálně dvou let.

Před výjezdem vždy kontaktujte Koordinátora mobilit a informujte se o aktuální dokumentaci požadované před stáží, během stáže a po jejím ukončení.

Zacházení s chemickými látkami

Studenti jsou povinni absolvovat předmět „Handling Chemical Substances“ (IS MU: C7777) každý semestr po celou dobu trvání doby studia.

ExPBio PhD Retreat

Studenti jsou povinni se každoročně účastnit a prezentovat své výsledky na ExPBio PhD Retreatu. Podrobný způsob účasti je definován v pokynech pro PhD Retreat. Studenti prezenčního studia mají povinnost se aktivně podílet na přímé organizaci Retreatu. V odůvodněných případech může garant programu nebo jím pověřená osoba rozhodnout o alternativním způsobu splnění této povinnosti. Po absolvování Retreatu je studentům udělen zápočet „ExPBio PhD Retreat“ (IS MU: C0020) v informačním systému.

TAC - Thesis Advisory Committe

Stanovení poradního výboru pro disertační práci (TAC - Thesis Advisory Committee) je povinnou součástí doktorského studia. Slouží k průběžnému monitorování studijního pokroku ve spolupráci s externími odborníky. TAC je odpovědný za sledování vývoje disertačního projektu, poskytování odborného poradenství a podporu jak studentovi, tak školiteli.

Za absolvování každého ze setkání TAC je studentovi udělen zápočet v Informačním systému MU (IS MU: C0010).

Složení TAC

Za sestavení TAC odpovídá student, a to ve spolupráci se svým školitelem. Členové výboru jsou vybíráni a jmenováni do konce prvního roku studia. TAC musí zahrnovat školitele a alespoň dva další členy, kteří nejsou součástí školitelovy výzkumné skupiny; minimálně jeden člen musí být externí, tedy mimo instituci, kde student vykonává svůj doktorský výzkum (např. Masarykova universita, Biofyzikální ústav AV ČR apod.). Zahrnutí zahraničního odborníka je možné a považuje se za přínosné. Horní limit počtu členů TAC není stanoven. Členem se může stát jakýkoli odborník (interní či externí) s relevantními zkušenostmi s vedením doktorandů. Složení TAC podléhá schválení garantem programu nebo jím pověřené osoby a následně schválen oborovou radou programu ExPBio.

Setkání TAC

Setkání TAC může iniciovat student, školitel, garant programu nebo jím pověřená osoba. Účast jednotlivých členů je možná i distanční formou (on-line). Za organizaci schůzek, včetně pozvání členů a zajištění odevzdání kompletně vyplněných hodnoticích zpráv, odpovídá student.

  • První setkání TAC se musí uskutečnit nejpozději do konce druhého semestru a zahrnuje plán výzkumu během PhD studia.
  • Druhé setkání by mělo proběhnout do konce čtvrtého semestru, není-li nutné dříve, a obsahuje navrhované teze disertační práce.
  • Třetí setkání se doporučuje během sedmého semestru studia, není-li nutné dříve a obsahuje postup prací a závěrečné teze disertační práce.
  • Kromě tří předepsaných setkání TAC může být TAC svolán školitelem, studentem, garantem programu nebo jím pověřené osoby kdykoliv během studia.
  • Po standardní době studia (tj. po osmi semestrech) nebo na základě doporučení oborové rady musí být TAC rozšířen o dalšího externího člena a svoláván pravidelně každoročně nebo dle potřeby.
Průběh TAC

Pokud je nutno - dva týdny před schůzkou, doktorand nebo školitel zašlou koordinátorovi PhD studia neveřejnou část podkladů. Neveřejná část není povinná, ale slouží k lepší informovanosti TAC a garantem programu o možných problémech týkajících se průběhu studia. Tuto část vyplňují samostatně doktorand a školitel a slouží k oddělenému projednání jednotlivých pohledů během schůzky.

Týden před každou schůzkou zašle doktorand všem členům TAC písemné podklady - např. návrh prezentace ve formátu PowerPoint. Dle potřeby může připojit také přehled dosavadního pokroku nebo pracovní verzi tezí disertační práce, podle aktuální rozpracovanosti projektu.

Části jednání bez přítomnosti doktoranda nebo školitele jsou důvěrné a umožňují otevřenou diskuzi o případných problémech ve spolupráci. V případě střetu zájmů, etických problémů nebo pocitu nerovného postavení může doktorand nebo kterýkoli člen TAC požádat o účast PhD koordinátorku na schůzce.

Struktura schůzky TAC:

  • Prezentace doktoranda (cca 20 minut) a následná diskuze se všemi členy TAC.
  • Diskuze mezi doktorandem a členy TAC bez přítomnosti školitele.
  • Interní diskuze členů TAC bez přítomnosti doktoranda.
  • Závěrečné shrnutí a doporučení předsedy TAC.
Zrušení TAC a výměna členů

TAC může být zrušen rozhodnutím doktoranda i oborové rady. Nový TAC musí být sestaven ideálně do jednoho měsíce. Přesun TAC by mělo být krajním řešením a nemělo by se provádět více než jednou za celé studium.

Jednotlivé členy lze v případě potřeby nahradit. Změna musí být schválena oborovou radou.

Dokumentace TAC

Zápis ze setkání TAC obsahuje:

  • Oficiální dokumenty, schválené všemi členy TAC, studentem a školitelem.
  • Pokud nutno - neveřejnou část, kterou vyplňuje zvlášť student a školitel. Neveřejná část může být vyplněna a zaslána nejméně dva týdny před konáním TAC koordinátorovi PhD studia. Koordinátor seznámí s jejím obsahem příslušné členy TAC, případně garanta programu či jeho zástupce.

Povinné dokumenty k jednotlivým setkáním TAC ke stažení:

  • Zápis z 1. řádného TAC
  • Zápis z 2. řádného TAC
  • Zápis z 3. řádného TAC
  • Zápis z mimořádného TAC
  • Povinná neveřejná část TAC zprávy – student
  • Povinná neveřejná část TAC zprávy – školitel

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info